Bydd y peiriant deisio ffrwythau yn cynhyrchu pomace ffrwythau gweddilliol a sudd ffrwythau yn ystod y defnydd, a gall glanhau'r peiriant deisio ffrwythau yn rheolaidd ymestyn ei oes gwasanaeth. Y dull glanhau yw rinsio'r pomace ffrwythau a'r sudd ffrwythau â dŵr glân, ac yna sychu llafn a chorff y peiriant deisio ffrwythau gyda lliain sych, ac yna rhoi haen denau o saim ar lafn y peiriant deisio ffrwythau gyda saim, a all atal llafn y peiriant deisio ffrwythau rhag rhydu. Os na ellir defnyddio'r peiriant deisio ffrwythau fel arfer, dylid ei anfon i ganolfan gwasanaeth cynnal a chadw proffesiynol mewn pryd i'w atgyweirio.
